Une année a passé après la victoire de l'équipe de l'Archangel. Lacus dirige le gouvernement des PLANTS et Cagalli devient officiellement députée d'Orb.
Tout ceci se termina sur un traité de paix: l'Armistice.
Suite à la décision des membres de L'Alliance terrienne et de ZAFT, Héliopolis II fut construite. Monument témoin de la paix entre eux.
Kira, quant à lui, devint commandant en chef et protège Lacus en vivant à ses côtés sur les PLANTS. Asran et Meyrin coulent des jours heureux à ORB, ainsi que Shinn et Lunamaria qui sont en permission.
Cependant, un nouveau projet sera décisif dans nos cœurs: DOOM. Une nouvelle machine conçue par le nouveau groupe des RUINS qui est très sollicitée par les peuples. En effet, elle aurait la capacité de créer un clone ressemblant trait pour trait à la personne que l'on décide de cloner. En d'autre terme, le fruit de l'expérience ressemble à une personne chère, morte depuis la guerre opposant les coordinateurs aux naturels. Mais même si ce projet est très coûteux, les gens ont l'air motivés.
La stupéfaction est grande surtout parmi les rangs de ZAFT et de l'Alliance Terrienne. Shinn, quant à lui, a disparu de la circulation, laissant derrière lui la confusion.
Les grandes personnalités de guerre comme Durendal et Azraël ont été vus côte à côte, main dans la main. Ceux-là sont des œuvres crées par les RUINS également.
Mais un doute s'empare de nos héros : pourquoi cette machine existe-t-elle et pourquoi a-t-on créé des personnalités importantes? Qui sont véritablement ces RUINS dont l'identité est strictement confidentielle?
Ce qui est sûr, c'est qu'une nouvelle aventure attend nos héros avec impatience. Car le genre humain n'a pas fini de causer des ennuis à l'humanité.